Toshkent davlat agrar universiteti 1991-yil 11-aprelda agrar universitet maqomiga ega bo‘ldi. 1934 yildan 1991 yilgacha Toshkent qishloq xo‘jaligi instituti deb nomlanar edi. Bu institut 1931-yilda O‘rta Osiyo paxtachilik-irrigatsiya, politexnika institutidan ajralib chiqqan O‘rta Osiyo paxtachilik instituti hamda O‘rta Osiyo qishloq xo‘jaligi institutidan ajralib chiqqan O‘rta Osiyo ipakchilik institutlarining qo‘shilishidan tashkil topgan.

ToshDAU tarkibida 7 ta fakultet mavjud: Agronomiya, Seleksiya urug‘chilik va o‘simliklarni himoya qilish, Meva-sabzavotchilik va uzumchilik, O‘rmonchilik va dorivor o‘simliklar, Zootexniya va ipakchilik, Agroinjeneriya,  Qishloq xo‘jaligida menejment.