Berdaq nomidagi Qoraqalpoq davlat universiteti T.G.Shevchenko nomidagi Qoraqalpoq davlat pedagogika instituti asosida 1976-yili tashkil qilindi va keyinchalik universitetga Nukus davlat universiteti nomi berildi.

Qoraqalpog’iston Respublikasi Joqarg’i Kengesining 1992-yili 25-yanvardagi 274-qarori bilan Berdaq nomidagi Qoraqalpoq davlat universiteti deb qayta nomlandi.

1990-yilga kelib respublikadagi birdan bir oliy o’quv o’rni bo’lgan Qoraqalpoq davlat universitetining pedagogika fakultetlari bazasida hozirgi Ajiniyaz nomidagi Nukus davlat pedagogika instituti, Toshkent davlat axborot texnologiyalar universiteti Nukus filiali, Toshkent agrar universiteti Nukus filiali va Toshkent pediatriya institutining Nukus filiallari alohida bo’linib chiqdi.

FAKULTETLAR: Qoraqolpoq filologiyasi fakulteti, O’zbek filologiyasi fakulteti, Tarix va xuquq fakulteti, Ijtimoiy iqtisodiy fakulteti, Jismoniy madaniyat fakulteti, Kimyo-texnologiya fakulteti, Fizika — Matematika fakulteti, Tabiatshunoslik fakulteti, Texnika fakulteti, Chet tillari fakulteti