1991-yil 1-martda Farg‘ona shahrida pedagogika instituti negizida yangi oliy o‘quv yurti – universitet tashkil etish to‘g‘risida qaror qabul qilindi.
Universitetda 9 ta fakultet faoliyat yuritib, kafedralar soni 28 tani tashkil etadi.
FAKULTETLAR: Tarix fakulteti, Filologiya fakulteti, Pedagogika faklteti, Tabiiy geografiya fakulteti, Fizika-matemetika fakulteti, Ijtimoiy-iqtisodiyot fakulteti, Jismoniy madaniyat fakulteti, Chaqiriqqacha harbiy ta’lim fakulteti, Chet tillari fakulteti