Автор Владимир! 

Первым шагом, создадим загрузочную флешку Windows 10.

Загружаем с флешки наш компьютер или ноутбук.

В начальном окне установщика Windows жмём клавиатурное сочетание SHIFT+F10 и открывается командная строка.

Вводим команду: rd C:Windows /q /s 

что означает:

rd — удаление каталогов Windows на диске C:

/s — удаление папки Windows и всех содержащихся в ней файлов, папок и подпапок.

/q — отключение запроса подтверждения при удалении.

Ждём пару минут до появления строки X:Sources>, это значит, что папка Windows удалена (как проверить это, написано далее в статье).

Если у вас при удалении выйдет ошибка: «Не удаётся найти указанный файл», значит среда предустановки Win PE назначила диску с установленной Windows букву, отличную от (C:).

Чтобы установить букву диска с установленной ОС, вводим команду:

notepad

В открывшемся блокноте жмём:

Файл—>Открыть. 

Жмём на кнопку «Этот компьютер» и проверяем все диски на предмет установленной ОС. 

К примеру, на диске (C:) находим файлы установленной операционной системы.

Щёлкаем правой кнопкой мыши на папке Windows и в выпадающем меню выбираем «Удалить».

Ждём пару минут. Окно в это время будет неактивным. 

Да. 

Отмечаем галочкой, указанный на скриншоте пункт и жмём Да.

Вернитесь в предыдущее окно и затем опять войдите на диск (C:). 

Папка Windows удалена. 

Статьи в тему: 

1. Запросите разрешение от TrustedInstaller или как получить права на изменение системных файлов и папок в Windows 7, 8.1, 10