Для поиска и удаления пустых каталогов имеются специальные программы из так называемых оптимизаторов, но найти их можно и средствами самой Windows. Откройте консоль PowerShell и выполните в ней такую команду: 

Код здесь

Вкратце поясняем. Первая часть скрипта представляет собой переменную $SomePath, содержащую полный путь к разделу или каталогу, в котором будет выполняться поиск пустых папок. У нас это пользовательский каталог (C:Users), у вас путь может быть другим. Вторая часть — рекурсивный обход заданного расположения с условием. Полученные данные в виде полного пути к каждой пустой папке выводятся тут же в консоли. 

Если вы собираетесь искать пустые директории на пользовательском томе, запускать PowerShell с правами администратора необязательно, если же просканировать нужно системный раздел, открывать консоль необходимо с повышенными привилегиями. Впрочем, даже в этом случае нет гарантии, что скрипт найдет все пустые папки, поскольку доступ к некоторым из них может быть ограничен самой системой на более высоком уровне.

Скрипт ничего не удаляет и это хорошо, потому что бесконтрольное удаление пусть даже пустых папок может повлечь за собою ошибки в работе операционной системы и программного обеспечения, которое их создало для каких-то своих определенных целей. Удалить найденные папки вы можете всегда и в любое время из Проводника или того же PowerShell, используя команду Remove-Item «Path», где Path — полный путь к удаляемому каталогу.